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Hace poco publiqué un Post, diciendo cómo poner subtítulos a un video y entre una de las opciones era el ponerlos manualmente editando el video, de igual forma es editar el video, lo puedes hacer con tu editor favorito, pero el que más te recomiendo es el Premiere o el Final Cut. Aunque también puedes usarlo con el Windows Movie Maker, Kino, Sony Vegas, Ulead, IMovie.
Premiere
Ulead
IMovie
Sony Vegas
Final Cut
Windows Movie Maker
Kino
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